Catatan Museum Kota Kulit Merah

Ini adalah kenangan masa kecil ketika ia tinggal di rumah kakek-neneknya di Prefektur Yamagata, bermain di sudut sebuah kota kecil yang sepertinya berada di dekat sana.
Namun seiring bertambahnya usia, setiap kali ia mengungkit kenangan itu, orang tuanya tidak memiliki ingatan sama sekali tentang kota kecil yang ia ceritakan, dan sang protagonis sendiri pun sudah tidak ingat lagi di mana tepatnya kota kecil itu berada.
Suatu hari, saat protagonis sedang merapikan dokumen di ruang penelitian kampusnya, tanpa sengaja ia menemukan sebuah buku catatan yang sangat aneh. Isinya tampaknya berupa catatan tentang sejarah dan hal-hal terkait sebuah kota kecil di wilayah Tohoku, tetapi isinya terlalu fantastis, sehingga buku itu pun terlupakan di kedalaman rak dokumen. Namun kebetulan, protagonis mengenal penulis catatan itu.
Orang itu tak lain adalah pamannya yang entah berada di mana.
Pamannya adalah seorang sejarawan lokal daerah, dan tampaknya mengoleksi berbagai data dari daerah tetangga. Di dalam buku catatan itu tercatat hal-hal tentang kota kecil tempat protagonis pernah tinggal.
Rupanya buku catatan paman ini tampaknya merupakan catatan perjalanan yang ditulis dalam bentuk kisah perjalanan tentang sejarah dan hal-hal terkait kota kecil itu, tetapi semuanya berisi hal-hal dan gambar-gambar yang sulit dipercaya. Bahkan kadang-kadang terlihat kolom kosong yang hanya berisi nama item, lalu ditulis "Detail tidak diketahui" atau "Sedang diselidiki".
Kemudian, saat protagonis membaca catatan itu, ia menyadari bahwa ia memiliki ingatan tentang benda-benda yang hanya tertulis namanya tanpa detail. Kalau dipikir-pikir, mungkin catatan ini tidak sepenuhnya omong kosong, dan sebagian isinya berdasarkan kenyataan?
Selain nostalgia samar terhadap kota kecil itu, protagonis juga merasakan ketertarikan yang kuat terhadap hal-hal yang tertulis di catatan tersebut. Untungnya, sekolah akan segera memasuki liburan musim panas yang panjang, jadi waktunya cukup. Meskipun mungkin tidak sampai bisa membantu paman melengkapi bagian yang tidak jelas dalam catatan itu, dengan harapan mungkin akan menemukan sesuatu, protagonis pun pulang ke kampung halaman.
Demikianlah, protagonis terus mengingat-ingat berkat buku catatan ini, dan akhirnya tiba di kota kecil dalam kenangannya. Kota kecil itu benar-benar seperti yang tertulis dalam catatan pamannya, sebuah kota kecil yang penuh dengan hal-hal dan adat istiadat yang aneh dan menakjubkan.
Di kota kecil itu—"Karakucho"—protagonis menyaksikan berbagai macam "benda aneh dan langka", dan perlahan-lahan mulai menyentuh hal-hal menakjubkan yang tersembunyi di dalam kota kecil itu, serta masa lalunya yang hilang.